selain itu STAINU yang merupakan lembaga di bawah Nahdlatul ulama juga memiliki mitra lembaga yang bergerak dalam pendidikan di NU, yaitu Lembaga Ma'arif. Untuk di Kabupaten kebumen Lembaga Ma'arif memiliki banyak sekolah-sekolah yang bernanung di bawahnya, jumlah MI sebanyak 141, MTs/SMP sebanyak 48, dan tingkat SLTA, SMK/MA sebanyak 19 SMK dan 2 MAPK, dan tersebar di seluruh Kabupaten Kebumen.

Dengan kerja keras kalangan akademik di salah satu SMK Ma'arifserta masuknya beberapa alumni dari STAINU Kebumen, salah satu SMK Ma'arif yaitu SMK Ma'arif 01 Kebumen telah memperoleh standarisasi internasional dalam bidang majamemen yaitu ISO 2000.

Atas dasar ISO 2000 itu, SMK Ma'arif 01 Kebumen kini tengah merintis untuk menjadi Sekolah Berstandar Internasional (RSBI)

Yang akan segera menyusul ISO 2000, dan RSBI masih ada 8 SMK di bawah lembaga pendidikan Ma'arif NU Kebumen

Selain di Lembaga Ma'arif, alumni STAINU Kebumen banyak juga yang terserap menjadi PNS melalui jalur Guru, baik di tingkat SD/SMP/SMA maupun MI/MTs/MA. Tahun 2003, saat pengangkatan CPNS besar-besaran, Alumni STAINU Kebumen mendominasi pengangkatan tersebut